眼睛的自我保护
打坐，在身心放松状态下，气血顺畅，身体某些不适部位就会更加明显。眼睛流泪，可能是对眼睛的自我保护调节，眼泪滋润眼球。
身体的排毒体现
打坐可以调节身心，促进血液循环，而在打坐时不由自主的流眼泪有可能是排出身体毒素。毕竟眼泪的形成除了泪腺之外，还有其他腺体参与。这与运动后出汗有排毒作用有相似之处。